บ้านเณรพระหฤทัย ศรีราชาทำการฉลองครบรอบ 50 ปีมาแล้วเมื่อปี ค.ศ.1985 แต่ประวัติความเป็นมาของสถาบันแห่งนี้ถือกำเนิดมาช้านานกว่านี้ กล่าวคือ บ้านเณรพระหฤทัย ซึ่งได้ชื่อว่าเป็นบ้านเณรประจำมิสซังไทยแห่งแรก เดิมตั้งอยู่ริมแม่น้ำฝั่งแม่น้ำแม่กลอง ตำบลบางช้าง อำเภอบางคนฑี จังหวัดสมุทรสงคราม เนื่องจากระบบบริหารงานของพระศาสนจักรในประเทศไทย สมัยนั้นแบ่งออกเป็นมิสซังไทย กับมิสซังลาว มิสซังไทย ครอบคลุมตั้งแต่ภาคเหนือภาคกลางและภาคใต้ ส่วนมิสซังลาว ครอบคลุมภาคอีสานและประเทศลาว

          ต่อมาในปี ค.ศ.1930 มีการปรับเปลี่ยนเขตบริหารงานใหม่ ได้ก่อตั้งมิสซังราชบุรี กำหนดให้ดูแลครอบคลุมตั้งแต่จังหวัดราชบุรีลงไปจนถึงภาคใต้ โดยพระสงฆ์คณะซาเลเซียนเป็นผู้รับผิดชอบและบริหารงาน จึงทำให้บ้านเณรซึ่งเป็นสถานที่อบรมผู้ที่จะเตรียมตัวเป็นพระสงฆ์ของมิสซังไทยและลาว ในขณะนั้นดูเหมือนว่าตั้งอยู่ผิดที่ ดังนั้น จึงมีโครงการย้ายบ้านเณรโดยมีเป้าหมายแห่งใหม่อยู่ที่อำเภอศรีราชา จังหวัดชลบุรี

          ปี ค.ศ. 1934 เป็นปีที่ย้ายบ้านเณรจากบางช้างมาที่ศรีราชาขณะนั้น คุณพ่อมอรีสการ์ตอง เป็นอธิการ คุณพ่อโรเชอโร เป็นผู้ช่วยกับสามเณรอีก 82 คน พร้อมกับแม่ครัวอีกชุดหนึ่ง พากันขนสัมภาระลงเรือจากบางช้างมาสู่ศรีราชา การเดินทางเต็มไปด้วยความยากลำบากต้องฝ่าลม ฝ่าคลื่นในท้องทะเลกว่าจะมาถึงฝั่งได้ เมื่อมาถึงศรีราชาแล้วทั้งพระสงฆ์และสามเณรต้องช่วยกันทำงานหนักตั้งแต่เช้าจรดเย็นในการบุกเบิกสถานที่แห่งใหม่ ด้วยการช่วยกันถางป่า สร้างอาคารเรือนไม้เพื่อเป็นที่พัก ปลูกผักเป็นอาหาร อัตคัดน้ำดื่มน้ำใช้ชีวิตความเป็นอยุ่เต็มไปด้วยความยากลำบาก แต่ทุกคนไม่ย่อท้อกลับรวมพลังกันพยายามทำทุกอย่างเพื่อสถาบันบ้านเณร

          ครั้นปลายปี ค.ศ.1940 เกิดกรณีพิพาทอินโดจีน ไทยเรียกร้องดินแดนคืนจากฝรั่งเศส พระสงฆ์ผู้ใหญ่ของบ้านเณรส่วนใหญ่เป็นชาวฝรั่งเศส ทางการจึงเพ่งเล็งมาที่บ้านเณรเป็นพิเศษในที่สุด ตำรวจได้ส่งตัวคุณพ่อที่เป็นชาวฝรั่งเศสทุกคนเข้ากรุงเทพฯ เมื่อขาดผู้นำบ้านเณรจึงต้องปิดโดยปริยาย

          เมื่อเหตุการณ์สงบลงมาบ้านเณรจึงเปิดอีกครั้งหนึ่งเมื่อปี ค.ศ.1943 โดยคุณพ่อสงวน สุวรรณศรี (ต่อมาเป็นพระสังฆราช) เป็นอธิการ คุณพ่อจัดโครงสร้างใหม่ทั้งหมด แบบค่อยเป็นค่อยไป และเนื่องจากพระศาสนจักรในช่วงต่อมาได้ขยายตัวอย่างไม่หยุดยั้ง มีการปรับเปลี่ยนเขตการปกครอง โดยแบ่งเขตปกครองออกเป็น มิสซังกรุงเทพและจันทบุรี บ้านเณรพระหฤทัยให้มิสซังจันทบุรี ส่วนมิสซังกรุงเทพได้เปิดบ้านเณรขึ้นใหม่ ที่อำเภอสามพราน จังหวัดนครปฐม ในปี ค.ศ.1965 ใช้ชื่อว่า “บ้านเณรนักบุญยอแซฟ”

          วันเวลาผ่านไป หลายสิ่งหลายอย่างไม่ว่าตัวอาคาร อธิการ สามเณรและบริเวณภายในก็ปรับปรุงเปลี่ยนไป แต่จุดประสงค์และจิตตารมณ์ของการอบรมสามเณรนั้นยังคงอยู่ อธิการและสงฆ์ซึ่งรับหน้าที่บริหารงานในบ้านเณรแต่ละสมัย ต่างก็มุ่งมั่นพัฒนาบ้านเณรซึ่งถือว่าเป็นหัวใจมิสซังให้มีความก้าวหน้า เป็นสถานที่ที่เหมาะสมในการเตรียมผู้ที่ได้รับกระแสเรียกให้เป็นพระสงฆ์ของคริสตเจ้าอย่างแท้จริง

          ตลอดเวลาที่ผ่านมาตั้งแต่ปี ค.ศ.1935 ถึงปี ค.ศ.1993 บ้านเณรพระหฤทัยศรีราชา มีสามเณรทั้งสิ้น 1,086 คน ในจำนวนนี้ได้รับการแต่งตั้งเป็น คาร์ดินัล 1 องค์คือ พระคาร์ดินัล มีชัย กิจบุญชู พระสังฆราช 5 องค์คือ
1. พระคุณเจ้าเทียนชัย สมานจิต
2. พระคุณเจ้าเกี้ยน เสมอพิทักษ์
3. พระคุณเจ้าบรรจง อารีพรรค
4. พระคุณเจ้าพเยาว์ มณีทรัพย์
5. พระคุณเจ้าสังวาลย์ ศุระศรางค์



“ข้าวที่จะเก็บเกี่ยวมีมาก แต่คนงานมีน้อย
ให้เราสวดภาวนาเพื่อจะได้มีกระแสเรียกเป็นนักบวชในพระศาสนจักรมากยิ่งขึ้น
โดยเฉพาะอย่างยิ่งในสังฆมณฑลจันทบุรีของเรา”
.......................................................................